河姆渡文化因浙江余姚河姆渡遗址而得名，主要分布在宁绍平原，距今约7000～5000年；马家浜文化因浙江嘉兴马家浜遗址得名，主要分布在太湖流域，距今约7000～6000年。两支文化年代相当、地域相邻，在长江下游新石器时代版图中构成复杂而深远的互动关系。
从文化面貌看，两者既有共性，又有鲜明差异。陶器方面，河姆渡文化以夹炭黑陶为主，普遍装饰绳纹、刻划纹，代表性器物是釜、罐、盘、钵，尤其以“四足盆”“敞口釜”等独具特色；马家浜文化则以夹砂红陶和泥质红陶为主，盛行素面或红衣，器形多为釜、豆、壶、鼎，典型如“牛鼻耳罐”“宽檐釜”。两者都以釜为主要炊器，反映了南方稻作文化的共同传统，但在陶系和装饰风格上各有传承。
稻作农业是两支文化最重要的经济基础。河姆渡遗址出土了大量炭化稻谷、稻叶和稻秆，并发现骨耜等农具，证明当时已形成较成熟的稻作生产体系。马家浜文化遗址中同样普遍发现水稻遗存，如草鞋山、绰墩等地出土的炭化米粒，年代不晚于河姆渡。有学者认为，长江下游的稻作起源可能有多中心，马家浜与河姆渡各自独立发展，又通过交流共享技术；也有观点认为马家浜文化对河姆渡文化产生过直接影响。无论哪种解释，两者都处于中国早期稻作文明的核心圈层。
居住形态方面，河姆渡文化最具代表性的是干栏式建筑，以桩木为基础，架设地板，再立柱盖顶，适应江南潮湿多雨的环境。马家浜文化的住房遗迹同样发现干栏式或地面式建筑，两者技术传统相似。但河姆渡出土的木质构件已出现榫卯和企口板，工艺更为复杂，表明其木作技术达到较高水平。
在生业方式上，河姆渡文化表现出明显的渔猎采集色彩，骨镞、鱼镖、石球等大量出土，河姆渡遗址还发现水牛、猪、狗等动物骨骼；马家浜文化亦以稻作农业为主，同时饲养猪、狗，渔猎也占一定比重。二者均呈现出“饭稻羹鱼”的江南特色，但河姆渡的渔猎工具种类更多，可能与其濒海临江的地理位置有关。
关于两者的年代关系，碳十四测年数据显示，马家浜文化的上限约在7000年前，下限约6000年前；河姆渡文化第一期约7000～6500年前，第二期约6500～5500年前。因此两者在7000～6000年前阶段处于共存期。考古学界目前普遍认为，它们并非简单的继承关系，而是长江下游两支平行发展的考古学文化，相互之间存在密切的交流与渗透。
文化交流的证据体现在多个方面。例如，河姆渡遗址出土的某些腰沿釜、金形器与马家浜文化同类器相似；马家浜文化晚期出现的鼎，可能受到河姆渡文化或其他南方文化的影响。一些学者还注意到，河姆渡第二期文化的陶器风格发生变化，与马家浜文化的相似性增强，暗示两者互动频繁。此外，在环太湖与宁绍平原之间的丘陵地带，发现了一些兼具两地文化因素的遗址，如浙江桐乡罗家角遗址，其早期遗存既包含马家浜文化因素，又有与河姆渡接近的夹炭陶，因此常被视为文化交汇的节点。
关于两者的源流，学界也有不同看法。一种观点认为马家浜文化继承了本地及邻近地区更早的遗存，而河姆渡文化的前身可能是跨湖桥文化或类似遗存。两种文化可能源自不同的考古学传统，但在长期接触中形成了相似的经济形态和社会结构。随着良渚文化的崛起，马家浜文化和河姆渡文化先后融入更大的文化系统，最终共同成为良渚文明的重要来源。
综上所述，河姆渡文化马家浜文化在时间上部分重合，在地域上相邻相依，经济模式和生产技术高度相似，又没有明显的承袭关系，可视为长江下游新石器时代中期“双峰并峙”的文化格局。它们之间的交流与互动，推动了中国南方早期文明的形成与发展，也为后世江南文化奠定了深厚根基。
