赤嵌楼最初建于1653年，是荷兰东印度公司在台南建造的欧式城堡，原名普罗民遮城（Provintia）。这座城堡采用红砖砌成，因此被当地人称为“红毛楼”。荷兰人选择在此建城，主要因其位于台江内海东岸，地势较高且靠近海洋，便于控制贸易航道。
城堡内设有行政中心、仓库和驻军营地，是荷兰在台湾南部统治的核心据点。荷兰人以此为基础，发展蔗糖、鹿皮等贸易，并与中国、日本商人进行频繁的商业往来。
1661年，郑成功率军进攻台湾，经过九个月的围城，最终在1662年攻陷普罗民遮城。荷兰守军投降，郑成功将城堡更名为“承天府”，作为明郑时期的行政中心。赤嵌楼从此成为郑氏政权在台湾的象征之一。
郑成功在赤嵌楼设立行政机构，推行屯田政策，鼓励大陆移民开垦土地，促进了台湾的农业发展。同时，赤嵌楼也成为军事指挥中心，负责防御荷兰人可能的反扑。
1683年，清朝康熙帝派施琅攻台，郑克塽投降，台湾正式纳入清朝版图。清朝初期将台湾府设在台南，赤嵌楼成为台湾府治所在地。清政府在此设立衙门，管理台湾的行政、司法和军事事务。
随着时间推移，赤嵌楼逐渐失去军事价值，但其作为行政中心的功能一直延续。清朝中期，赤嵌楼多次修缮，建筑风格逐渐融合中式元素，例如加建文昌阁、海神庙等。
19世纪后期，清朝在台湾推行现代化改革，赤嵌楼周围兴建了学校、电报局等设施。然而，1895年甲午战争后，台湾割让给日本，赤嵌楼的历史进入新的阶段。
赤嵌楼的建筑风格反映了台湾历史的多元性。最初的荷兰式城堡结构以坚固的城墙和棱堡为特色，而郑成功和清朝时期增建的中式殿宇、亭台楼阁，则体现了汉文化的深远影响。
如今，赤嵌楼已成为台南重要的历史古迹，院内保存了多块石碑，如“赤嵌楼”匾额、郑成功受降图等，见证着从荷兰到清朝的政权更迭与文化交融。
赤嵌楼的历史变迁是台湾历史的缩影，从荷兰殖民、明郑收复到清朝治理，每一阶段都留下了深刻的印记。这座建筑不仅是一座城堡，更是台湾多元文化交融的象征，提醒人们珍惜历史的多样性与包容性。
