最动人的故事，要从一个不识字的岭南年轻人说起。惠能早年丧父，以砍柴为生。一天，他给客店送柴，偶然听见有人诵读《金刚经》，“应无所住而生其心”一句如清水落心，他当下怔住，随即辞别母亲，北上黄梅礼见五祖弘忍。五祖见他是岭南人，故意说：“你是岭南人，如何能作佛？”惠能答：“人即有南北，佛性岂有南北？”这一问，让满堂失色。
后来五祖召集门人，令各作偈。上座神秀写道：“身是菩提树，心如明镜台；时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”众人赞叹。惠能不会写字，请人代书一偈：“菩提本无树，明镜亦非台；本来无一物，何处惹尘埃。”五祖见后，知道他已经悟得心法，便于三更传衣，让他连夜南下。
惠能一路被人追逐，为躲避夺衣钵的凶险，曾在猎人队里隐居多年。猎人让他看守猎网，他常常趁人不备，放走落网的生灵；吃饭时，他把青菜放入煮肉的锅中，只吃“肉边菜”。这种在尘世中守护佛性的方式，后来被无数修行者视为“随缘不变”的注脚。
二、风幡心动多年后，惠能来到广州法性寺。那日风动幡动，两位僧人争执不休。惠能上前说：“不是风动，不是幡动，仁者心动。”一语惊动四座。住持印宗问明白后，才知道眼前这位不起眼的路人，正是禅宗六祖。于是为他剃发授戒，请这位岭南行者正式出家。不久，惠能回到曹溪宝林寺，即今天的南华寺，在此说法三十余年。
三、曹溪卓锡南华寺内至今留有六祖真身。一千多年岁月在他身上留下的是黄铜般的颜色，老人们喜欢说，他始终在蒲团上闭目禅坐，只是不说话罢了。而“肉身不坏”这件事，在信众眼里，就是“本来无一物”最直观的证明。
寺中有一口泉，名叫“卓锡泉”。相传惠能初到曹溪时，寺中缺水，他将锡杖往地上一卓，泉水便汩汩涌出。后人便称此泉为卓锡泉。泉旁古树参天，四季清凉，至今仍为游者停步之处。也有人说，泉水涌出时有九龙相伴，因此又名“九龙泉”。无论传说如何，这口泉始终流淌在佛殿边，仿佛带着那句“何处惹尘埃”，缓缓洗着来者的风尘。
南华寺的故事，不只是高僧大德的故事。它也是寻常香客的故事：有母亲替远行的儿女祈福，有旅人在殿外石阶上静坐，有看破名利的人把一炷香插进炉中，然后转身走了。佛寺如一座旧桥，把古人的机锋与现世的烦忧连在一起。
从风幡的争论到肉边菜，从卓锡泉到六祖真身，南华寺的香火没有断过。寺门前的曹溪水，至今仍缓缓流淌，像一句没有说完的偈子：若问西来意，忽然又忘了；若问寺中事，只在此山中，云深不知处。真正的故事，或许从来不在石碑上，而在来者自己的一念心里。
