大明寺始建于南朝刘宋孝武帝大明年间，初称栖灵寺，因寺内栖灵塔而得名，后历经隋唐、宋元、明清，香火绵延不绝。千载之间，住持僧侣代有才俊，或弘法度众，或修塔筑殿，或诗文传世，今择其要者，略述生平，以彰前德。
隋唐立基：智顗与鉴真隋代智者大师智顗虽以天台宗祖庭著称，然其早年曾驻锡大明寺，开讲《法华玄义》，为寺中首开讲经之风。大师俗姓陈，荆州华容人，十八岁出家，二十三岁从慧思禅师受业，后入金陵瓦官寺弘法。隋开皇年间，应晋王杨广之请，赴扬州授菩萨戒，途经大明寺，见古塔颓圮，遂留居数月，率众重葺殿宇，并立规约，使寺院渐成丛林规模。智顗于开皇十七年圆寂于天台山，然其在大明寺所传法脉，为后世奠定了深厚的义学根基。
唐代住持之中，最负盛名者首推鉴真大师。鉴真俗姓淳于，广陵江阳人，十四岁出家，曾游学洛阳、长安，遍研律宗三学。唐天宝元年，受日本遣唐使荣睿、普照之请，发愿东渡弘法。然六次东渡，五次失败，其间双目失明，仍矢志不渝。天宝十二载，第六次东渡终获成功，携经典、佛像及弟子二十余人抵日本，于奈良东大寺设坛授戒，被尊为日本律宗开山祖。据载，鉴真于天宝二载至七载间，曾出任大明寺住持，率众拓建戒坛，广收门徒，并将江南医药、书法、建筑技艺融入丛林教化。其弟子如思托、法进等，皆一时俊彦，后随师东渡，将大明寺之学脉远播海外。鉴真于唐广德元年圆寂于日本唐招提寺，终年七十六岁，至今寺中仍存其夹纻造像，供人瞻仰。
宋元继绪：可政与圆照北宋真宗年间，住持可政禅师主持重建栖灵塔。据《续高僧传》补遗，可政俗姓王，庐州人，自幼出家，精研唯识。其时旧塔已毁于会昌法难，基址荒芜。可政发愿修复，历时十余年，募资百万，终在景德元年功成，塔高九级，檐角悬铃，成为淮南胜景。可政亦因之受赐紫衣，号“明悟大师”，其门风严谨，日常领众耕作，不废禅诵。
南宋末至元初，住持圆照禅师力挽法门于乱世。圆照俗姓赵，临安人，得法于径山无准师范。宋末兵燹，寺院毁损过半，圆照率僧俗结茅而居，次第修复法堂、僧舍，并辑录唐宋诗僧题咏，编为《大明寺集》，今虽散佚，然其护法之功，典籍可考。元至元二十七年，圆照圆寂，塔于寺西，门人尊为“圆照光禅师”。
明清守成：智光与澄澈明代中叶，住持智光法师重振戒律。智光俗姓李，泰州人，初从宝华山三昧律师受具，后至大明寺讲《梵网经》，四方戒子云集。他在寺内设律学院，规定每年春秋传戒，并厘定寺产，编修《大明寺志》六卷。嘉靖年间倭寇犯境，智光率众抵抗，守护寺藏经卷无失，乡民感其义，为其立生祠。万历年间圆寂，世寿八十二。
清初，多宝塔久圮，住持澄澈禅师矢志中兴。澄澈俗姓陈，徽州人，少时习儒，后出家为临济宗传人。康熙十八年，他主持重建大雄宝殿，并仿唐制再建七级浮屠，历时九年而成。澄澈雅好诗书，与王士祯、孔尚任等名士交游，寺中碑碣多出其手。晚年退居西园，开净土念佛堂，日课万余声佛号。雍正二年圆寂，徒弟建塔于蜀冈之麓，题曰“澄公塔院”。
近代续灯：妙真与能勤清末民初，住持妙真和尚以兴学济世闻名。妙真俗姓张，扬州人，早年出家于高旻寺，后任大明寺方丈。他结识太虚大师，力推佛教改革，于寺内创办“华严学校”，兼授佛学与国文、算术。抗战期间，妙真率僧众收容难民，设立施粥所，并将寺产所余资助抗日救亡。1949年圆寂前，遗言将寺院藏书捐献人民政府，今存扬州图书馆。
当代住持能勤法师，2003年受命住持大明寺。他主持全面修复栖灵塔，重建鉴真纪念堂，并推动与日本、韩国佛教界的文化交流。2010年，能勤法师发起“鉴真精神论坛”，以“和合、精进、开放”为宗旨，使古刹再焕生机。今塔影巍巍，钟磬不绝，后人追思历代住持之功，尤当铭记其绍隆佛种、续佛慧命之德。
自南朝至今，历代住持或开山立派，或振废举衰，其生平事迹虽散见诸典籍，然高山仰止，为法忘躯之精神，实乃大明寺千年不灭之灯。后之览者，亦将有感于斯文。
